São órgãos da ARAP:

• O Conselho de Administração
• O Conselho Fiscal ou Fiscal Único;
• O Conselho Consultivo;
• A Comissão de Resolução de Conflitos 

Competências:

Do Conselho de Administração:

• Representar a Instituição e dirigir a respetiva atividade;
• Elaborar os planos de atividade anuais e assegurar a respetiva execução;
• Exercer os poderes de direção, gestão e disciplina do pessoal;
• Aprovar regulamentos, normas e directivas previstas;
• Elaborar os pareceres, estudos e informações que lhe sejam solicitados pela Assembleia Nacional ou pelo Governo;
• Celebrar acordos de cooperação com outras entidades, públicas ou privadas, nacionais ou estrangeiras.

Do Conselho Fiscal ou Fiscal Único:

• Acompanhar e controlar com regularidade o cumprimento por parte da ARAP das leis e regulamentos aplicáveis, a execução orçamental, a situação económica, financeira e patrimonial e analisar a contabilidade;
• Emitir parecer sobre o orçamento e sobre as suas revisões e alterações;
• Emitir o parecer sobre o relatório de contas e gerências;
• Emitir parecer sobre a aquisição, arrendamento, alienação e oneração de bens imóveis;
• Emitir parecer sobre aceitação de doações, heranças ou legados;
• Emitir parecer sobre a contração de empréstimos, quando a ARAP estiver habilitada a fazê-lo;
• Manter o conselho de Administração informado sobre os resultados das verificações e exames a que proceda;
• Elaborar relatórios da sua acção fiscalizadora, incluindo um relatório anual global;
• Propor a realização de auditorias externas, quando isso se revelar necessário;
• Pronunciar-se sobre todos os assuntos que lhe sejam submetidos pelo Conselho de Administração.

Do Conselho Consultivo:

• Pronunciar-se, por sua própria iniciativa ou a pedido do Conselho de Administração sobre todas as questões respeitantes à função reguladora da ARAP.
• Apreciar os unstrumntos de gestão da ARAP
• Apresentar ao Conselho de Administração sugestões ou propostas destinadas a fomentar ou aperfeiçoar as actividades.

Da Comissão de Resolução de Conflitos:

• Apreciar e decidir os recursos e reclamações interpostos durante o processo de aquisições públicas, nos termos previstos no Código da Contratação Pública e nos termos previsto no seu estatuto;
• Fixar as custas a aplicar aos recursos;
• Encaminhar as instancias competentes processos que suscitam procedimento disciplinar ou criminal por violação do Código da Contratação Pública.