Sem prejuízo das auditorias realizadas pelas entidades competentes, dentro das suas atribuições, a ARAP realiza auditorias periódicas aos procedimentos de contratação pública realizados pelas entidades sujeitas à aplicação do Código da Contratação Pública e outras leis da República.

A auditoria ao Sistema Nacional da Contratação Pública visa assegurar que os processos sejam conduzidos de acordo com os objectivos de boa gestão dos dinheiros públicos, garantia de sã concorrência no mercado e ética na gestão e nos procedimentos das contratações públicas.